В 2012 году весь мир, за исключением Токио, был уничтожен… точнее так думают жители Токио, и в их числе наш главный герой - Kamina Ayato. Во время одной из атак на Токио Ayato, почти не понимая, что делает, сбегает из города на секретном оружии - RahXephon. Здесь он понимает, что все, что он знал...